空调系统的清洁状况与室内空气质量有重要关系。长期运行的空调系统如果不定期清洗消毒，通风空调系统中会聚集大量尘粒、病菌病毒、腐烂有机物、霉菌和碎片等。这些积聚的尘粒不仅影响系统工作效率，而且更重要的是集聚在空调管道内的尘粒、病菌等会随送风管道进入室内，严重威胁人们的身体健康。室内空气中含有的大量有有机物或无机物的微细粉尘、烟、雾等浮游粉尘、有毒气体、霉、细菌等微生物都是造成建筑物空调系统污染的原因。烟雾、灰尘等吸入性微粒刺激人的眼、鼻和咽喉,增加呼吸道感染的机会，严重者还会诱发肺癌。另外，空调水系统中冷却塔温暖潮湿的环境很容易成为病菌滋生的温床，这些致病病菌会在空气处理的过程中混合在送风之中，进入室内，使人感染生病(例如军团菌病)。